Секретные Материалы (The X-Files) следуют за двумя специальными агентами ФБР, Фоксом Малдером (Дэвид Духовны) и Даной Скалли (Джиллиан Андерсон). Малдер определенно верит во все сверхъестественное, не поддающееся объяснению и внеземные силы, что приводит его к назначению в особый отдел нерешенных дел, известный как X-Files. Скалли - квалифицированный ученый и медицинский специалист, которой первоначально поручают следить за Малдером и разоблачать его теории, предоставляя логические, научные объяснения случаев, с которыми они сталкиваются. Главная сюжетная линия включает попытки раскрыть правительственный заговор, скрывающий существование инопланетян и сотрудничество американского правительства с ними. Таинственная группа, составляющих теневой элемент в пределах американского правительства, известного как Синдикат, стоит за этим заговором. Их обычно представляет Курильщик (Уильям Б. Дэвис), основной злодей сериала.
Неотъемлемая часть сюжета Секретных Материалов - неустанный поиск Фоксом его сестры, Саманты Малдер, которая по его мнению была похищена инопланетянами, когда ей было 8 лет, а ему - 12.
Сериал также сосредотачивается на отношениях между двумя агентами. Большую часть времени Малдер и Скалли были близки лишь как партнеры и платонические друзья, но все же их романтические чувства выходили наружу время от времени.
Позднее в сериале место Малдера временно занимает Джон Доггетт (Роберт Патрик), когда первого похищают.
Помимо девяти сезонов сериала, вышло 2 полнометражных фильма. Про третий известий нет, но вполне вероятно, что через несколько лет он будет снят.