Третий сезон начинается спустя несколько недель после разгрома Суперменом Элли Олстон. Кларк и Лоис теперь работают в газете вместе и наслаждаются жизнью в небольшом городе. Но романтическое блаженство Кентов лишь проливает свет на то, насколько изолирующим может быть "секрет", когда Крисси не удается сбалансировать новое любовное увлечение и свою дружбу с Лоис. Однако баланс между работой и личной жизнью самой Лоис подвергается испытанию, когда задание под прикрытием раскрывает смертоносного врага, обещающего навсегда изменить семью Кентов. Супермен перевернул бы Землю ради семьи, но со злодеем столь беспощадным даже этого может быть недостаточно. Между тем Кентские парни движутся в противоположных направлениях. На фоне всех этих потрясений Джона Генри преследует прошлое его двойника, приводящее к опасным последствиям также для Натали. Лана Лэнг и Кайл переосмысливают свою разделение, в то время как Сара изучает, какое будущее ждет ее с Джорданом теперь, когда она знает правду о его силах. Усвоив, что никому нельзя доверять работать с Суперменом, генерал Сэмюэл Лейн восстанавливает свой пост в министерстве обороны, лишь чтобы столкнуться с собственным конфликтом в работе со своим внуком Джорданом.
Авторы сценария Брент Флетчер (со-продюсер; Агенты Щ.И.Т.) и Тодд Хелбинг (создатель, продюсер; Флэш), режиссер Том Кавана (актер Флэш).